Communications des 5 dernières années

Vous trouverez ici la liste des communications de l'équipe sur les 5 dernières années, pour avoir l'ensemble des données vous pouvez consulter la page des productions.

CONFÉRENCES INVITÉES DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Aci-Sèche, S.
    L’IA au service du Drug Design
    Journée de recherche commune RTR DIAMS et CaSciModOT
    déc. 2023 - Orléans.

  2. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design and synthesis of original imidazothiadiazoles as dual DYRK1A/CLK1 inhibitors
    Semaine d'Études en Chimie Organique - SECO 58
    sept. 2021 - Bussang.

  3. Bonnet, P.
    AI in Medicinal Chemistry
    33ème Journée du projet CASCIMODOT
    déc. 2020 - e-conference.

  4. Bonnet, P.
    Application of ligand- and fragment-based design tools for the discovery of novel kinase inhibitors
    Les "Lundis de l’IPSIT"
    janv. 2020 - Châtenay-Malabry.

COMMUNICATIONS ORALES DANS UN CONGRÈS INTERNATIONAL

  1. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    A novel protocol for protein-ligand binding affinity prediction via spatio-temporal deep learning and molecular dynamics simulations
    XXIII congrès du Group of Graphism and Molecular Modeling (GGMM)
    mai 2023 - Toulouse.

  2. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    The use of deep neural networks on molecular dynamics simulations for the prediction of binding affinities
    RSC- Analyst prize
    23rd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (EuroQSAR)
    sept. 2022 - Heidelberg (Allemagne).

  3. Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Ruchaud, S. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Verrecchia, F. ; Plé, K. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Synthesis and preclinical validation of LIMKs inhibitors: Promising drugs for osteosarcoma treatment?
    29th Young Research Fellow Meeting
    juil. 2022 - Nantes.

  4. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design and synthesis of dual inhibitors of DYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    8th EFCM-YMCS Young Medicinal Chemists' Symposium
    sept. 2021 - e-conference.

  5. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design and synthesis of dual inhibitors of DYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    Premier prix de communication orale
    28th Young Research Fellow Meeting
    févr. 2021 - Paris.

COMMUNICATIONS ORALES DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Mao, X. ; Ansar, S. ; Velusamy, M. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Universal Frags2Drugs (uF2D): a proteome-wide in silico fragment-based ligand design tool
    11èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI
    oct. 2023 - Caen.

  2. Mao, X. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Universal Frags2Drugs (uF2D): a proteome-wide in silico fragment-based ligand design tool
    Journées de la Section Régionale Centre Ouest de la SCF
    juin 2023 - Orléans.

  3. Plé, K. ; Vallée, B. ; Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Josselin, B. ; Ruchaud, S. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Les LIM kinases, des cibles thérapeutiques prometteuses pour le traitement du glioblastome : de la conception de petites molécules inhibitrices aux tests cellulo
    Cancéropôle Grand Ouest, colloque du réseau Molécules marines, métabolisme et cancer
    mai 2023 - Mansigné.

  4. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Predicting protein-ligand binding affinity by applying spatio-temporal deep learning on molecular dynamics simulations
    Journée thématique « Deep Learning, théorie et application » RTR DIAMS
    mars 2023 - Tours.

  5. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Spatio-temporal deep learning combined with molecular dynamics simulations to predict protein-ligand binding affinity
    Journée thématique « Human in the loop for data mining and machine learning » RTR DIAMS
    janv. 2023 - Orléans.

  6. Plé, K. ; Vallée, B. ; Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Josselin, B. ; Ruchaud, S. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Les LIM kinases, des cibles thérapeutiques prometteuses pour le traitement du glioblastome : de la conception de petites molécules inhibitrices aux tests cellulo
    Cancéropôle Grand Ouest, journée scientifique du réseau Cancers des Tissus Hormono-dépendants (CASTHOR)
    déc. 2022 - Nantes.

  7. Plé, K. ; Verrecchia, F. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Josselin, B. ; Ruchaud, S. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Un nouvel inhibiteur des LIMKs, l'AC429, bloque la croissance des tumeurs primaires d'ostéosarcome
    Cancéropôle Grand Ouest, colloque du réseau Molécules marines, métabolisme et cancer
    mai 2022 - Mansigné.

  8. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction by combining molecular dynamics simulations with deep learning approaches
    3ème journée des doctorants MIPTIS / RTR DIAMS
    avril 2022 - Tours.

  9. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction using combined molecular dynamics and deep learning approaches
    journées calcul et données - JCAD
    déc. 2021 - Dijon.

  10. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Krezel, P. ; Gally, J.-M. ; Bourg, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Application of Frags2Drugs for the fragment-based drug design of macrocyclic kinase inhibitors
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  11. Bourzikat, O. ; Faarasse, S. ; El Kazzouli, S. ; Bourg, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Suzenet, F. ; Guillaumet, G.
    Palladium-catalyzed regioselective C-H arylation of 4-azaindazole at C3, C5 and C7 Positions
    Semaine d'Études en Chimie Organique - SECO 58
    sept. 2021 - Bussang.

  12. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Krezel, P. ; Gally, J.-M. ; Bourg, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Discovery of macrocyclic inhibitors of ALK using Frags2Drugs, a fragment-based drug design in silico tool
    Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM
    juil. 2021 - Paris.

  13. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Prediction of binding affinity of protein-ligand complexes combining molecular dynamics simulations with deep learning algorithms
    3èmes édition des journées jeunes chercheurs - J2C-2021
    mars 2021 - Orléans.

COMMUNICATIONS PAR POSTER DANS UN CONGRÈS INTERNATIONAL

  1. Buron, F. ; Rodrigues, N. ; Gay, M. ; Plé, K. ; Bonnet, P. ; Jourdan, M.-L. ; Vallée, B. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Design and synthesis of dual PI3K/mTOR inhibitors and probes for the treatment of breast cancer
    SCF Chemical Biology Symposium 2024
    janv. 2024 - Orsay.

  2. Krezel, P. ; Bourg, S. ; Buron, F. ; Routier, S. ; Roche, P. ; Betzi, S. ; Morelli, X. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Targeting the proteome using an innovative in silico fragment-based ligand design tool
    57th International Conference on Medicinal Chemistry (RICT)
    juil. 2023 - Lille.

  3. Molineau, J. ; Bourg, S. ; Boisseau, N. ; Hideux, M. ; Hennig, P. ; Bertin, S. ; Mauge, F. ; Bonnet, P. ; West, C.
    Chromatographic retention prediction in RPLC by machine learning
    HPLC 2023
    juin 2023 - Düsseldorf (Germany).

  4. Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Ruchaud, S. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Verrecchia, F. ; Plé, K. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Synthesis and preclinical validation of LIMKs inhibitors: Promising drugs for osteosarcoma treatment?
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  5. Bourzikat, O. ; Hiebel, M.-A. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Suzenet, F. ; El Kazzouli, S. ; Bonnet, P.
    Design, synthesis and biological evaluation of original compounds with isoquinolinone scaffold as BRAF protein kinase inhibitors
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  6. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Routier, S. ; Buron, F.
    Design and synthesis of dual inhibitors of dYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  7. Ziada, S. ; Diharce, J. ; Raimbaud, E. ; Ducrot, P. ; Bonnet, P. ; Aci-Sèche, S.
    Estimate the residence time of a drug by biased molecular dynamics simulations
    23rd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (EuroQSAR)
    sept. 2022 - Heidelberg (Allemagne).

  8. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Learning from molecular dynamics simulations with deep neural networks for the prediction of protein-ligand binding affinity
    29th Young Research Fellow Meeting
    juil. 2022 - Nantes.

  9. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Development of a method combining molecular dynamics simulations and deep learning for the prediction of protein-ligand binding affinity
    8th Strasbourg Summer School in Chemoinformatics (CS3-2022)
    juin 2022 - Strasbourg.

  10. Pescheteau, C. ; Place, M. ; Bourg, S. ; Bonnet, P. ; Ruchaud, S. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles : Conception and synthesis of novel DYRK1A/CLK1 dual inhibitors
    27th Young Research Fellow Meeting
    janv. 2020 - Caen.

COMMUNICATIONS PAR POSTER DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Buron, F. ; Rodrigues, N. ; Gay, M. ; Plé, K. ; Bonnet, P. ; Jourdan, M.-L. ; Vallée, B. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Design and synthesis of dual PI3K/mTOR inhibitors and probes for the treatment of breast cancer
    REncontre en Chimie Organique Biologie - RECOB19
    mars 2024 - Aussois.

  2. Echelard, F. ; Garnier, N. ; Aci-Sèche, S.
    Study of protein-ligand binding/unbinding pathways and of molecular competition by using biased molecular dynamics simulations
    Journée de recherche commune RTR DIAMS et CaSciModOT
    déc. 2023 - Orléans.

  3. Molineau, J. ; Bourg, S. ; Boisseau, N. ; Hideux, M. ; Hennig, P. ; Bertin, S. ; Mauge, F. ; Bonnet, P. ; West, C.
    Machine learning model for chromatographic retention prediction
    11émes Journées de la Société Française de Chémoinformatique
    oct. 2023 - Caen.

  4. Mao, X. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    FragCon: Predicting fragment contribution to protein-ligand binding affinity
    Journée Scientifique de la Fédération Physique et Chimie du Vivant- FR2708
    août 2022 - Orléans.

  5. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Routier, S. ; Buron, F.
    Design and synthesis of dual inhibitors of DYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    REncontres en Chimie Organique Biologique - RECOB 18
    avril 2022 - Aussois.

  6. Place, M. ; Elie, J. ; Carles, F. ; Baratte, B. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design of novel imidazopyridazines as strong Haspin inhibitors
    REncontres en Chimie Organique Biologique - RECOB 18
    avril 2022 - Aussois.

  7. Aouidate, A. ; Roy, V. ; Agrofoglio, L. A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Indentification of new small molecules antiviral agents as protein-protein inhibitors of the ACE2: Coronavirus Spike Interactions to prevent the entry of SARS-CoV-2 to the host cell
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  8. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction using combined molecular dynamics and deep learning approaches
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  9. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Prediction of binding affinity of protein-ligand complexes combining molecular dynamics simulations with deep learning algorithms
    Biotechnocentre
    oct. 2021 - Les Hauts de Bruyères.

  10. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Original Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles as kinases inhibitors
    Biotechnocentre
    oct. 2021 - Les Hauts de Bruyères.

  11. Krezel, P. ; Bonnet, P.
    Identification of bioactive peptide conformations using a novel in silico approach
    21ème congrès du groupe français des peptides et protéines
    mai 2020 - Amboise.

COMMUNICATIONS FLASHS DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Learning from MD simulations dataset
    1st deep learning for sciences days (JDLS)
    mai 2023 - Orsay.

  2. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction using combined molecular dynamics and deep learning approaches
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  3. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Prediction of binding affinity of protein-ligand complexes combining molecular dynamics simulations with deep learning algorithms
    Biotechnocentre
    oct. 2021 - Les Hauts de Bruyères.

COMMUNICATIONS FLASHS DANS UN CONGRÈS INTERNATIONAL

  1. Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Ruchaud, S. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Verrecchia, F. ; Plé, K. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Synthesis and preclinical validation of LIMKs inhibitors: Promising drugs for osteosarcoma treatment?
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  2. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Learning from molecular dynamics simulations with deep neural networks for the prediction of protein-ligand binding affinity
    29th Young Research Fellow Meeting
    juil. 2022 - Nantes.

  3. Pescheteau, C. ; Place, M. ; Bourg, S. ; Bonnet, P. ; Ruchaud, S. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles : Conception and synthesis of novel DYRK1A/CLK1 dual inhibitors
    27th Young Research Fellow Meeting
    janv. 2020 - Caen.