Communications des 5 dernières années

Vous trouverez ici la liste des communications de l'équipe sur les 5 dernières années, pour avoir l'ensemble des données vous pouvez consulter la page des productions.

CONFÉRENCES INVITÉES DANS UN CONGRÈS INTERNATIONAL

  1. Bonnet, P. ; Bournez, C. ; Peyrat, G. ; Krezel, P. ; Aci-Sèche, S.
    An In silico Fragment Based Design Tool for the Discovery of NovelKinase Inhibitors
    21st Romanian International Conference on Chemistry and Chemical Engineering (RICCCE 2019)
    sept. 2019 - Constanta (Roumanie).

CONFÉRENCES INVITÉES DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design and synthesis of original imidazothiadiazoles as dual DYRK1A/CLK1 inhibitors
    Semaine d'Études en Chimie Organique - SECO 58
    sept. 2021 - Bussang.

  2. Bonnet, P.
    AI in Medicinal Chemistry
    33ème Journée du projet CASCIMODOT
    déc. 2020 - e-conference.

  3. Bonnet, P.
    Application of ligand- and fragment-based design tools for the discovery of novel kinase inhibitors
    Les "Lundis de l’IPSIT"
    janv. 2020 - Châtenay-Malabry.

COMMUNICATIONS ORALES DANS UN CONGRÈS INTERNATIONAL

  1. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    A novel protocol for protein-ligand binding affinity prediction via spatio-temporal deep learning and molecular dynamics simulations
    XXIII congrès du Group of Graphism and Molecular Modeling (GGMM)
    mai 2023 - Toulouse.

  2. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    The use of deep neural networks on molecular dynamics simulations for the prediction of binding affinities
    RSC- Analyst prize
    23rd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (EuroQSAR)
    sept. 2022 - Heidelberg (Allemagne).

  3. Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Ruchaud, S. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Verrecchia, F. ; Plé, K. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Synthesis and preclinical validation of LIMKs inhibitors: Promising drugs for osteosarcoma treatment?
    29th Young Research Fellow Meeting
    juil. 2022 - Nantes.

  4. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design and synthesis of dual inhibitors of DYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    8th EFCM-YMCS Young Medicinal Chemists' Symposium
    sept. 2021 - e-conference.

  5. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design and synthesis of dual inhibitors of DYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    Premier prix de communication orale
    28th Young Research Fellow Meeting
    févr. 2021 - Paris.

  6. Buron, F. ; Place, M. ; Copin, C. ; Bourg, S. ; Bonnet, P. ; Routier, S.
    Efficient functionalization of Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles, access to new kinases inhibitors
    21st Romanian International Conference on Chemistry and Chemical Engineering (RICCE21)
    sept. 2019 - Constanta (Roumanie).

COMMUNICATIONS ORALES DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Mao, X. ; Ansar, S. ; Velusamy, M. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Universal Frags2Drugs (uF2D): a proteome-wide in silico fragment-based ligand design tool
    11èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI
    oct. 2023 - Caen.

  2. Mao, X. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Universal Frags2Drugs (uF2D): a proteome-wide in silico fragment-based ligand design tool
    Journées de la Section Régionale Centre Ouest de la SCF
    juin 2023 - Orléans.

  3. Plé, K. ; Vallée, B. ; Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Josselin, B. ; Ruchaud, S. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Les LIM kinases, des cibles thérapeutiques prometteuses pour le traitement du glioblastome : de la conception de petites molécules inhibitrices aux tests cellulo
    Cancéropôle Grand Ouest, colloque du réseau Molécules marines, métabolisme et cancer
    mai 2023 - Mansigné.

  4. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Predicting protein-ligand binding affinity by applying spatio-temporal deep learning on molecular dynamics simulations
    Journée thématique « Deep Learning, théorie et application » RTR DIAMS
    mars 2023 - Tours.

  5. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Spatio-temporal deep learning combined with molecular dynamics simulations to predict protein-ligand binding affinity
    Journée thématique « Human in the loop for data mining and machine learning » RTR DIAMS
    janv. 2023 - Orléans.

  6. Plé, K. ; Vallée, B. ; Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Josselin, B. ; Ruchaud, S. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Les LIM kinases, des cibles thérapeutiques prometteuses pour le traitement du glioblastome : de la conception de petites molécules inhibitrices aux tests cellulo
    Cancéropôle Grand Ouest, journée scientifique du réseau Cancers des Tissus Hormono-dépendants (CASTHOR)
    déc. 2022 - Nantes.

  7. Plé, K. ; Verrecchia, F. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Josselin, B. ; Ruchaud, S. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Un nouvel inhibiteur des LIMKs, l'AC429, bloque la croissance des tumeurs primaires d'ostéosarcome
    Cancéropôle Grand Ouest, colloque du réseau Molécules marines, métabolisme et cancer
    mai 2022 - Mansigné.

  8. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction by combining molecular dynamics simulations with deep learning approaches
    3ème journée des doctorants MIPTIS / RTR DIAMS
    avril 2022 - Tours.

  9. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction using combined molecular dynamics and deep learning approaches
    journées calcul et données - JCAD
    déc. 2021 - Dijon.

  10. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Krezel, P. ; Gally, J.-M. ; Bourg, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Application of Frags2Drugs for the fragment-based drug design of macrocyclic kinase inhibitors
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  11. Bourzikat, O. ; Faarasse, S. ; El Kazzouli, S. ; Bourg, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Suzenet, F. ; Guillaumet, G.
    Palladium-catalyzed regioselective C-H arylation of 4-azaindazole at C3, C5 and C7 Positions
    Semaine d'Études en Chimie Organique - SECO 58
    sept. 2021 - Bussang.

  12. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Krezel, P. ; Gally, J.-M. ; Bourg, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Discovery of macrocyclic inhibitors of ALK using Frags2Drugs, a fragment-based drug design in silico tool
    Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM
    juil. 2021 - Paris.

  13. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Prediction of binding affinity of protein-ligand complexes combining molecular dynamics simulations with deep learning algorithms
    3èmes édition des journées jeunes chercheurs - J2C-2021
    mars 2021 - Orléans.

  14. Bourg, S. ; Bonnet, P.
    Chemoinformatic Python tools used in French academic laboratories
    9èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI-2019
    nov. 2019 - Paris.

  15. Bournez, C. ; Peyrat, G. ; Gally, J.-M. ; Krezel, P. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Fragment linking combined to graph-based approach in the discovery of novel kinase inhibitors
    9èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI-2019
    nov. 2019 - Paris.

  16. Aci-Sèche, S.
    In silico developments for kinase drug discovery
    30ème Journée du projet CASCIMODOT
    juil. 2019 - Tours.

  17. Aci-Sèche, S. ; Braka, A. ; Ziada, S. ; Bourg, S. ; Rimbaud, E. ; Ducrot, P. ; Garnier, N. ; Bonnet, P.
    In silico prediction of residence time for protein kinase inhibitors
    21ème congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire (GGMM)
    avril 2019 - Nice.

COMMUNICATIONS PAR POSTER DANS UN CONGRÈS INTERNATIONAL

  1. Krezel, P. ; Bourg, S. ; Buron, F. ; Routier, S. ; Roche, P. ; Betzi, S. ; Morelli, X. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Targeting the proteome using an innovative in silico fragment-based ligand design tool
    57th International Conference on Medicinal Chemistry (RICT)
    juil. 2023 - Lille.

  2. Molineau, J. ; Bourg, S. ; Boisseau, N. ; Hideux, M. ; Hennig, P. ; Bertin, S. ; Mauge, F. ; Bonnet, P. ; West, C.
    Chromatographic retention prediction in RPLC by machine learning
    HPLC 2023
    juin 2023 - Düsseldorf (Germany).

  3. Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Ruchaud, S. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Verrecchia, F. ; Plé, K. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Synthesis and preclinical validation of LIMKs inhibitors: Promising drugs for osteosarcoma treatment?
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  4. Bourzikat, O. ; Hiebel, M.-A. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Suzenet, F. ; El Kazzouli, S. ; Bonnet, P.
    Design, synthesis and biological evaluation of original compounds with isoquinolinone scaffold as BRAF protein kinase inhibitors
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  5. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Routier, S. ; Buron, F.
    Design and synthesis of dual inhibitors of dYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  6. Ziada, S. ; Diharce, J. ; Raimbaud, E. ; Ducrot, P. ; Bonnet, P. ; Aci-Sèche, S.
    Estimate the residence time of a drug by biased molecular dynamics simulations
    23rd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (EuroQSAR)
    sept. 2022 - Heidelberg (Allemagne).

  7. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Learning from molecular dynamics simulations with deep neural networks for the prediction of protein-ligand binding affinity
    29th Young Research Fellow Meeting
    juil. 2022 - Nantes.

  8. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Development of a method combining molecular dynamics simulations and deep learning for the prediction of protein-ligand binding affinity
    8th Strasbourg Summer School in Chemoinformatics (CS3-2022)
    juin 2022 - Strasbourg.

  9. Pescheteau, C. ; Place, M. ; Bourg, S. ; Bonnet, P. ; Ruchaud, S. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles : Conception and synthesis of novel DYRK1A/CLK1 dual inhibitors
    27th Young Research Fellow Meeting
    janv. 2020 - Caen.

  10. Barrault, C. ; Aci-Sèche, S. ; Buscaglia, P. ; Dayot, S. ; Pateau, V. ; Mignen, O. ; Bonnet, P. ; Carreaux, F. ; Penna, A.
    N-3,4-Dimethoxycinamoyl anthranilic acid (tranilast) validation and optimisation as pharmacological tool to target TRPV2 pro-metastatic action
    30th Ion Channels Meeting
    sept. 2019 - Sète.

  11. Peyrat, G. ; Carles, F. ; Bourg, S. ; Meyer, C. ; Bonnet, P.
    Future perspective in data mining, data visualization and deep learning for kinase search
    55èmes Rencontres Internationales de Chimie Thérapeutique (RICT 2019)
    juil. 2019 - Nantes.

  12. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Krezel, P. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Design of macrocyclic kinase inhibitors from fragment
    55èmes Rencontres Internationales de Chimie Thérapeutique (RICT 2019)
    juil. 2019 - Nantes.

  13. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Gally, J.-M. ; Krezel, P. ; Driowya, M. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Bonnet, P.
    FRAGS2DRUGS : Using fragment network to find new kinase inhibitors
    55èmes Rencontres Internationales de Chimie Thérapeutique (RICT 2019)
    juil. 2019 - Nantes.

  14. Vallée, B. ; Cosson, A. ; Doudeau, M. ; Godin, F. ; Champiré, A. ; Lelièvre, T. ; Plé, K. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Garnier, N. ; Bonnet, P. ; Routier, S. ; Bénédetti, H.
    LIM kinases, new therapeutic targets to treat cancers, neurological disorders and Neurofibromatosis: development of small molecule inhibitors
    44th FEBS Congress
    juil. 2019 - Krakow (Poland).

  15. Bournez, C. ; Peyrat, G. ; Krezel, P. ; Gally, J.-M. ; Driowya, M. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Bonnet, P.
    Discovering new kinase inhibitors from fragment network: Frags2Drugs
    7th RSC-BMCS Fragment-based Drug Discovery meeting (Fragments 2019)
    mars 2019 - Cambridge (Royaume Uni).

  16. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Krezel, P. ; Gally, J.-M. ; Driowya, M. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Bonnet, P.
    Frags2Drugs: from fragment database to new potent and selective protein kinase inhibitors
    26th Young Research Fellow Meeting
    févr. 2019 - Paris.

COMMUNICATIONS PAR POSTER DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Mao, X. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    FragCon: Predicting fragment contribution to protein-ligand binding affinity
    Journée Scientifique de la Fédération Physique et Chimie du Vivant- FR2708
    août 2022 - Orléans.

  2. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Routier, S. ; Buron, F.
    Design and synthesis of dual inhibitors of DYRK1A/CLK1 kinases involved in neurodegenerative diseases
    REncontres en Chimie Organique Biologique - RECOB 18
    avril 2022 - Aussois.

  3. Place, M. ; Elie, J. ; Carles, F. ; Baratte, B. ; Ruchaud, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Design of novel imidazopyridazines as strong Haspin inhibitors
    REncontres en Chimie Organique Biologique - RECOB 18
    avril 2022 - Aussois.

  4. Aouidate, A. ; Roy, V. ; Agrofoglio, L. A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P.
    Indentification of new small molecules antiviral agents as protein-protein inhibitors of the ACE2: Coronavirus Spike Interactions to prevent the entry of SARS-CoV-2 to the host cell
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  5. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction using combined molecular dynamics and deep learning approaches
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  6. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Prediction of binding affinity of protein-ligand complexes combining molecular dynamics simulations with deep learning algorithms
    Biotechnocentre
    oct. 2021 - Les Hauts de Bruyères.

  7. Pescheteau, C. ; Ruchaud, S. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Original Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles as kinases inhibitors
    Biotechnocentre
    oct. 2021 - Les Hauts de Bruyères.

  8. Krezel, P. ; Bonnet, P.
    Identification of bioactive peptide conformations using a novel in silico approach
    21ème congrès du groupe français des peptides et protéines
    mai 2020 - Amboise.

  9. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Gally, J.-M. ; Krezel, P. ; Driowya, M. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Bonnet, P.
    Frags2Drugs: discovery of kinase inhibitors from a fragment network
    9èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI-2019
    nov. 2019 - Paris.

  10. Peyrat, G. ; Carles, F. ; Bourg, S. ; Meyer, C. ; Bonnet, P.
    Perspective in data mining, data visualization and deep learning for kinase research
    Prix du meilleur poster
    9èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI-2019
    nov. 2019 - Paris.

  11. Pescheteau, C. ; Place, M. ; Bourg, S. ; Bonnet, P. ; Ruchaud, S. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles : conception et synthèse de nouveaux inhibiteurs doubles des kinases DYRK1A/CLK1
    32ème colloque Biotechnocentre
    oct. 2019 - Seillac.

  12. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Krezel, P. ; Gally, J.-M. ; Driowya, M. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Bonnet, P.
    Frags2Drugs: from fragment database to new potent and selective protein kinase inhibitors
    Journée Scientifique de la Fédération Physique et Chimie du Vivant- FR2708
    avril 2019 - Orléans.

  13. Bernard, P. ; Bonnet, P. ; Daniellou, R. ; Degrange, T. ; Destandau, E. ; Himbert, F.
    Application d’une stratégie de plans d’expérience lors d’une synthèse enzymatique
    Cosmetosciences
    févr. 2019 - Orléans.

  14. Bournez, C. ; Gally, J.-M. ; Do Q.T. ; Aci-Sèche, S. ; Bernard, P. ; Bonnet, P.
    Identification d’ingrédients actifs naturels par criblage virtuel et validation expérimentale
    Cosmetosciences
    févr. 2019 - Orléans.

COMMUNICATIONS FLASHS DANS UN CONGRÈS NATIONAL

  1. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Learning from MD simulations dataset
    1st deep learning for sciences days (JDLS)
    mai 2023 - Orsay.

  2. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Prediction of binding affinity of protein-ligand complexes combining molecular dynamics simulations with deep learning algorithms
    Biotechnocentre
    oct. 2021 - Les Hauts de Bruyères.

  3. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Protein-Ligand binding affinity prediction using combined molecular dynamics and deep learning approaches
    XXII congrès du GGMM (Group of Graphism and Molecular Modeling) & 10èmes journées de la SFCi (French Society of Chemoinformatics )
    oct. 2021 - Lille.

  4. Peyrat, G. ; Carles, F. ; Bourg, S. ; Meyer, C. ; Bonnet, P.
    Perspective in data mining, data visualization and deep learning for kinase research
    Prix du meilleur poster
    9èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI-2019
    nov. 2019 - Paris.

  5. Peyrat, G. ; Bournez, C. ; Gally, J.-M. ; Krezel, P. ; Driowya, M. ; Aci-Sèche, S. ; Guillaumet, G. ; Bonnet, P.
    Frags2Drugs: discovery of kinase inhibitors from a fragment network
    9èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique - SFCI-2019
    nov. 2019 - Paris.

COMMUNICATIONS FLASHS DANS UN CONGRÈS INTERNATIONAL

  1. Berabez, R. ; Champiré, A. ; Sainjon, M. ; Braka, A. ; Aci-Sèche, S. ; Bonnet, P. ; Mathea, S. ; Knapp, S. ; Cosson, A. ; Corret, J. ; Girardin, C. ; Ruchaud, S. ; Vallée, B. ; Brion, R. ; Verrecchia, F. ; Plé, K. ; Bénédetti, H. ; Routier, S.
    Synthesis and preclinical validation of LIMKs inhibitors: Promising drugs for osteosarcoma treatment?
    XXVII EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2022)
    sept. 2022 - Nice.

  2. Libouban, P.-Y. ; Aci-Sèche, S. ; Tresadern, G. ; Bonnet, P.
    Learning from molecular dynamics simulations with deep neural networks for the prediction of protein-ligand binding affinity
    29th Young Research Fellow Meeting
    juil. 2022 - Nantes.

  3. Pescheteau, C. ; Place, M. ; Bourg, S. ; Bonnet, P. ; Ruchaud, S. ; Buron, F. ; Routier, S.
    Imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazoles : Conception and synthesis of novel DYRK1A/CLK1 dual inhibitors
    27th Young Research Fellow Meeting
    janv. 2020 - Caen.